De overdrachten hadden geen gevolgen voor het statuut van deze stukken: het verlenen van het recht op inzage bleef de bevoegdheid van de auditeur-generaal. Bovendien werden deze reeksen overgedragen zonder de fichesystemen waarmee ze ontsloten konden worden. De steekkaarten die toegang gaven op de Antwerpse zonder gevolg geklasseerde dossiers bleven in het Justitiepaleis achter. De notitiefiches van de krijgsauditoraten van Brussel, Nijvel, Leuven, Bergen, Charleroi en Doornik werden dan weer samengevoegd in één overkoepelende reeks. Na in 1990 op microfilm te zijn gezet, werden de originele papieren fiches, 400.000 in totaal, vernietigd.
De decentrale bewaring van de archieven en het gestegen aantal aanvragen vormden een logistieke uitdaging voor de administratieve diensten van het auditoraat-generaal. In een brief aan auditeur-generaal Frits Gorlé klaagden zij aan “meer dan ooit de hulpjes van het Navorsingscentrum te zijn geworden”. Gorlé reageerde hierop door de toenmalige directeur van het huidige CegeSoma, José Gotovitch, te laten weten dat voortaan een strenger inzagebeleid gevoerd zou worden.
Verstoring van de openbare orde
In 1996 besloot auditeur-generaal Jean-Yves Mine voor het eerst om het gehanteerde inzagebeleid in objectieve criteria vast te leggen. In een omzendbrief aan de krijgsauditeurs werd het recht op inzage in het kader van historisch onderzoek bevestigd, maar daarbij werd in het midden gelaten wie zich op dat recht kon beroepen. Wel werd het inzagerecht expliciet geweigerd aan “de persoon die een algemene belangstelling voor het verleden van een ascendant of een verwant inroept, of de wens de familiegeschiedenis te willen vervolledigen”. Men liet wel een opening voor verzoeken afkomstig van weduwen – over weduwnaars werd niet gesproken. Deze verzoeken zouden in principe goedgekeurd worden. Ook nabestaanden die inzage wilden krijgen in het dossier van een van hun overleden ouders zouden een toestemming van hun nog levende vader of moeder moeten voorleggen.
Deze regels golden enkel voor de dossiers van gevonniste zaken. Dossiers van zonder gevolg geklasseerde zaken bleven zowel voor onderzoekers als voor nabestaanden niet toegankelijk. Ook dossiers van vonnissen waarin (een van) de veroordeelde(n) later eerherstel bekomen had, waren voortaan niet langer raadpleegbaar. Hierdoor bleven de facto ook heel wat vonnisdossiers gesloten. Mine gaf aan met dat beleid te willen “beletten, dat de openbare orde wordt verstoord door inzage te verlenen van bepaalde gerechtelijke archieven, die in geval van perfide gebruik bepaalde verholen passies opnieuw zouden kunnen doen oplaaien”. Het is frappant dat men het in 1996 nodig achtte om de dossiers nog meer af te gaan schermen, een kwarteeuw nadat de top van het militair gerecht oordeelde dat de openbaarheid op termijn onafwendbaar was. Het is niet onwaarschijnlijk dat deze demarche er kwam in reactie op de herziening van het proces tegen Irma Laplasse, de in 1945 door het krijgshof ter dood veroordeelde vrouw die door de voorstanders van amnestie als symbool van een onrechtvaardige repressie beschouwd werd.
Opheffing militair gerecht
In aanloop naar de afschaffing van de militaire rechtscolleges in vredestijd, door de regering-Verhofstadt I voorzien per 1 januari 2004, organiseerde het CegeSoma in oktober 2002 een studiedag over de repressiedossiers, hun bestemming en de raadplegingsmodaliteiten. Aanwezig waren, naast talloze vertegenwoordigers van de academische wereld, ook auditeur-generaal Mine en minister van Justitie Marc Verwilghen. De hier ontstane dialoog leidde in december 2002 tot een nieuwe circulaire, grotendeels geïnspireerd op de omzendbrief van 1996, maar met toevoeging van een lijst van erkende instellingen en organisaties die in aanmerking kwamen voor een toelating in het kader van wetenschappelijk onderzoek.
De opheffing zelf had weinig concrete gevolgen voor onderzoekers en nabestaanden die de dossiers wilden consulteren. Een KB stelde het College van procureurs-generaal aan als bewaarder van alle archieven die door de voormalige militaire rechtscolleges voortgebracht waren. Het College koos er in eerste instantie voor om het gevoerde raadplegingsbeleid voort te zetten. Nieuwe aanvragen om inzage werden getoetst aan de criteria omschreven in de circulaire van 2002. In 2013 kwam het College met een eigen omzendbrief, die inhoudelijk weinig afweek van de richtlijnen uit 1996 en 2002. Deze circulaire is vandaag de dag nog steeds van toepassing, en wordt op sommige vlakken bijzonder streng geïnterpreteerd. Voortaan wordt alle nabestaanden verzocht de toestemming te verkrijgen van de kinderen van de beklaagde op naam van wie het dossier geopend werd. Een gevolg hiervan is dat iemand die het dossier van zijn of haar vader of moeder wil inkijken, toestemming moet vragen aan zijn of haar (half-)broers en (half-)zussen; wie inzage wil in het dossier van een grootouder, zal bij ouders, ooms en tantes moeten aankloppen. In heel wat families blijkt uitgerekend deze voorwaarde een bron van hoogoplopende spanningen. Men kan zich afvragen of het College bepaalde ‘verholen passies’ hiermee niet eerder aanwakkert dan bezweert.